มีการพัฒนาสายพันธุ์ปลาทองมีไม่ต่ำกว่า
100 สายพันธุ์ ซึ่งบางสายพันธุ์จนถึงปัจจุบันก็ได้หายสาบสูญไปตามกาลเวลาก็มี
โดยสายพันธุ์แรกที่มีการเลี้ยงคือ ฮิฟุนะ
ซึ่งมีรูปร่างเหมือนปลาทองดั้งเดิมในธรรมชาติ แต่ว่ามีสีทอง
ต่อมาก็ถูกพัฒนาจนกลายเป็นปลาทองที่มีหาง 3 แฉก เรียกว่า วากิ้น
และจากวาคิ้นก็ถูกพัฒนาจนกลายมาเป็นปลาทองหาง 4 แฉก คือ จิกิ้น
จนในที่สุดก็กลายมาเป็นริวกิ้นในที่สุด
นอกจากนี้แล้วสายพันธุ์ที่เรียกว่า
มารุโกะ ก็เป็นบรรพบุรุษของปลาทองสายพันธุ์หัวสิงห์ต่าง ๆ และสายพันธุ์เดเมกิ้น
ก็เป็นบรรพบุรุษของปลาทองสายพันธุ์ตาโปนต่าง ๆ
ปลาทองสามารถแบ่งออกตามลักษณะลำตัวได้เป็น
2 ประเภทใหญ่ ๆ คือ
1.กลุ่มที่มีลำตัวแบนยาว
มีลำตัวแบนข้าง และมีครีบหางเดี่ยว
ยกเว้นวากิ้นซึ่งมีครีบหางคู่ ปลาในกลุ่มนี้มักจะว่ายน้ำได้รวดเร็ว ปราดเปรียว
ทนทานต่อโรคต่าง ๆ และเจริญเติบโตได้เร็วกว่า ปลาทองที่จัดอยู่ในกลุ่มนี้ได้แก่
โคเมท, ชูบุงกิ้น, วากิ้น เป็นต้น
2.กลุ่มที่มีลำตัวกลมหรือรูปไข่
ถือเป็นกลุ่มที่มีจำนวนสายพันธุ์หลากหลายมากที่สุด
ซึ่งเป็นกลุ่มที่ว่ายน้ำได้ไม่ดี อาจจะว่ายหัวตก มีลักษณะสำคัญที่ครีบ
หัวและนัยน์ตาที่แตกต่างหลากหลายกัน โดยแบ่งออกได้เป็น 2 กลุ่ม คือ
กลุ่มที่มีครีบหลัง ได้แก่ ออรันดา, เกล็ดแก้ว, รักเร่, แพนด้า, โทะซะกิน เป็นต้น กับ กลุ่มที่ไม่มีครีบหลัง ได้แก่ สิงห์จีน, สิงห์ญี่ปุ่น, สิงห์ดำตามิด, รันชู, ลูกโป่ง, ตากลับ เป็นต้น